成立初期（1900年-1965年）

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1900年時的拜仁

拜仁在1901年的首场比赛对阵纽伦堡

拜仁慕尼黑在成立之前曾是慕尼黑男子体操俱乐部的足球部门。1900年2月27日，该俱乐部召开全体会议否决了足球部希望加入德国足球协会的请求，足球部的11名球员随即退出会议，并于当晚在弗朗茨·约翰的带领下创立了拜仁慕尼黑足球俱乐部。在短短的几个月内，拜仁便以大比分战胜了所有本地竞争对手，一举杀入了1900-01赛季的南德足球锦标赛半决赛[4]。在接下来的几年中，拜仁获得了多个当地联赛的冠军奖杯，并在1910-11赛季加入了新成立的县级联赛（德语：Kreisliga），这也是巴伐利亚州的首个区域性联赛。拜仁获得了联赛创办初年的冠军，但却无法再度夺冠，直至1914年第一次世界大战开始后，德国停止了所有足球活动[5][14]。

一战结束后的几年中，拜仁慕尼黑获得了几个区域性的赛事冠军。1926年，球队夺得了历史上第一个南德冠军，两年后，他们再次复制了这一成就[5][15]。1932年，拜仁首次在国家级赛事中登顶，当时的教练理查德·科恩率队以2:0击败法兰克福而获得了德国足球冠军[5]。

随着纳粹主义在1930年代的抬头，使得拜仁慕尼黑的发展戛然而止。俱乐部主席及主教练因为犹太人的身份而被迫离开德国，队内的许多球员也遭到清除。拜仁被嘲讽为“犹太人的俱乐部”，其半职业化的模式也遭到制裁，球员不得不再次成为全业余运动员。在接下来的几年中，拜仁已无法继续参与全国冠军的竞争，在当地联赛中也仅仅排名中游[16]。

第二次世界大战结束后，德国的顶级联赛被分为5个区域进行，拜仁成为其中南部高级联赛中的一员。战后的新开端非常困难，拜仁从1945年至1963年共聘用和解雇了13位主教练，但球队的成绩始终未见起色。1954-55赛季，拜仁不幸降级，但仅仅在一个赛季以后，球队便重返南部高级联赛，并且获得了球队历史上的第一次德国杯冠军，在决赛中，他们以1:0击败了杜塞尔多夫[17][18]。1950年代末，拜仁陷入严重的财政危机，濒临破产。来自诺伊斯的企业家、同时也是拜仁的狂热球迷罗兰·恩德勒（Roland Endler）在此时出手相助，为俱乐部注入了必要的资金，作为回报，恩德勒也获得了4年的俱乐部掌控权[19]。1963年，德国的5个高级联赛被整合为一个全新的德国足球甲级联赛（德甲），其中南部高级联赛将会有5支球队入围。拜仁在那一年获得南部第3，冠军则被另一支来自慕尼黑的球队慕尼黑1860所夺得。1963年5月11日，德国足协通知拜仁，他们无法获得新赛季德甲的参赛资格，因为足协不希望同一座城市出现两支德甲俱乐部[6]。拜仁就此错过了成为德甲创始成员的机会，他们是在两年后才依靠由年轻的天才球员弗朗茨·贝肯鲍尔、盖德·穆勒以及塞普·迈耶组成的中轴阵容于1965年成功晋级德甲[18]。

黄金时期（1965年-1979年）

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塞普·迈耶（左二）和弗朗茨·贝肯鲍尔（左三）是帮助拜仁夺得欧洲冠军杯三连冠的功臣之一

拜仁在德甲的第一个赛季最终排名第三位，同时赢得了德国杯冠军，这也使他们有资格参加1966-67赛季的欧洲优胜者杯。在这届优胜者杯决赛中，拜仁更是凭借弗朗茨·罗特在加时赛第18分钟的入球以1:0战胜格拉斯哥流浪者，赢得俱乐部历史上的首个欧洲赛事冠军[18]。同年拜仁也成功卫冕德国杯冠军，但在联赛仅获第六，整体进步缓慢。于是在1968年，拜仁迎来了南斯拉夫籍主帅布兰科·泽贝茨，他用立足于防守的战术思想取代了球队此前的进攻型打法，并藉此率队在1969年实现了德甲历史上的首个联赛及杯赛双冠王。而他在整个赛季一共只使用了13名球员[20]。

1970年3月13日，乌多·拉特克接替泽贝茨成为拜仁主帅。在他执教的第一个赛季，拜仁就捧起了当年的德国杯。接下来的1971-72赛季，拉特克率球队赢得了历史上第三次德国足球冠军。1972年6月28日，在该季最后一轮对阵沙尔克04的比赛成为新落成的慕尼黑奥林匹克体育场举办的第一场正式比赛，也是德甲历史上首次进行电视直播的比赛。拜仁在比赛中以5:1大胜沙尔克04，夺得德甲冠军之余，还刷新了联赛的最高积分及最多进球等纪录[21]。接下来的两个赛季，拜仁实现了德甲冠军“帽子戏法”，但达到巅峰的胜利是在1974年欧洲冠军杯决赛，拜仁在重赛中以4:0横扫马德里竞技，首度加冕欧洲冠军杯冠军[22]。球队在随后几年于国内联赛中并不顺利，却在欧冠赛场上捍卫了自己的欧洲冠军地位。1975年的欧冠决赛中，拜仁凭借弗朗茨·罗特和盖德·穆勒在比赛末段的两粒进球战胜了利兹联，但乌利·赫内斯在決賽中受了重傷被迫退場，原先以速度見長的他再也沒能找回原本的狀態。但由于对方球员彼得·洛里默的一个进球被判无效，利兹联的球迷非常不满，赛场内发生了骚乱。利兹联也因此在欧洲赛场上被禁赛3年[23]。一年后在格拉斯哥举行的欧冠决赛中，拜仁再次凭借罗特的入球以1:0击败圣艾蒂安，成为第三支获得欧洲冠军杯三连冠的球队。在同年稍后举行的洲际杯中，拜仁又在两回合制的比赛中战胜巴西俱乐部克鲁塞罗，赢得最终的冠军[24]。这一时期的剩余时间成为改革时间，拜仁没有再获得任何的锦标。1977年，贝肯鲍尔加盟纽约宇宙、羅特在1978年轉戰奧地利和德國低組別聯賽、迈耶及剛滿27歲的赫內斯则在1979年退役，盖德·穆勒也在同年转投了劳德代尔堡前锋（英语：Fort Lauderdale Strikers (1977–83)）[25]。

从“布莱尼格”到“绿茵好莱坞”（1979年-1998年）

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现任董事会主席卡尔-海因茨·鲁梅尼格是拜仁历史上入球第二多的球员，并在1980年代帮助球队赢得了多个冠军。

1980年代，拜仁在球场外经历了一段动荡时期，其人事及财务状况均发生了许多变化。在球场内，被球迷昵称为“布莱尼格（Breitnigge）”组合的当家球星保罗·布莱特纳和卡尔-海因茨·鲁梅尼格带领球队在1980年和1981年夺得德国足球冠军。在此后的两个赛季拜仁却仅收获了1982年的德国杯冠军。1983年，布莱特纳宣布退役，前主教练乌多·拉特克则再度重返球队。1984年，拜仁再获德国杯冠军，并且在6年中5次夺得各项赛事锦标，包括了1985-86赛季的双冠王。但在这10年中，拜仁在欧洲赛场上并没有贏下任何實質的獎項，只是在1982年和1987年获得了欧洲冠军杯的亚军，分別輸給英國的阿斯頓維拉和葡萄牙的波尔图[26]。

1987年，尤普·海因克斯成为了拜仁的主教练。在1988-89赛季以及1989-90赛季的两连冠后，拜仁的成绩开始出现下滑。在1990-91赛季屈居亚军后，1991-92赛季拜仁排名第10，仅仅领先降级区5分。1993-94赛季，拜仁慕尼黑在欧洲联盟杯第二轮即遭英超球队诺里奇城淘汰，后者就此成为唯一一支能在慕尼黑奥林匹克体育场击败拜仁的英国球队。该赛季后半段，贝肯鲍尔回到拜仁接过帅鞭并获得成功，带领球队在沉寂四年之后重新捧起德甲冠军奖盘。贝肯鲍尔还同时被任命为俱乐部主席[27]。

在此之后，继任主教练的吉奥瓦尼·特拉帕托尼和奥托·雷哈格尔均没有达到俱乐部的高期望值，只是分别在拜仁度过了一个碌碌无为的赛季[28]。由于当时的拜仁球员通常登上八卦新闻版面而非体育新闻版，拜仁也因此被戏称为“绿茵好莱坞”（FC Hollywood）。在1995-96赛季接近结束时，贝肯鲍尔又作为代理主教练暂时掌管了拜仁，随即率队夺得了欧洲联盟杯，他们在决赛中击败了波尔多。1996-97赛季，特拉帕托尼重返球队并带领拜仁捧起了当年的德甲冠军奖盘。但在接下来的一个赛季，拜仁在冠军争夺战中输给了雷哈格尔带领的升班马凯泽斯劳滕，特拉帕托尼也不得不再次离开了俱乐部[29]。

重获国际成功（1998年-2007年）

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安联球场自2005年起成为拜仁的主场

在执教多特蒙德大获成功后，奥特马·希斯菲尔德于1998年至2004年间成为拜仁的主教练。在他入主的第一个赛季，拜仁获得了当年的德甲联赛冠军，欧洲冠军联赛冠军也几乎到手，只是在决赛中全场领先的情况下被曼彻斯特联于伤停补时阶段的两粒进球所击败。1999-00赛季，拜仁获得了历史上第三个双冠王。随后在2000-01赛季，拜仁直到联赛最后一轮的最后一分钟才锁定自己的连续第三个德甲冠军；几天后，拜仁又在欧洲冠军联赛决赛上依靠点球击败了巴伦西亚，时隔25年之后重新捧起欧洲冠军奖杯，可惜在德國杯第二輪早早輸給了低組別聯賽的黑馬馬德堡。2001-02赛季初，拜仁获得了丰田杯的冠军，但之后球队在其它赛事乏善可陈。2002-03赛季，拜仁获得了球队历史上的第四个双冠王，领先第二名26分的成绩也创造了德甲联赛的历史[30]。希斯菲尔德的统治期在2004年终结，该年拜仁的表现令人失望，甚至在德国杯赛上也负于德乙球队亚琛而止步不前。

球队教鞭改由菲利克斯·马加特接掌，他带领拜仁连续获得了两次联赛杯赛双冠王。在2005-06赛季开始之初，拜仁的主场由原奥林匹克体育场搬迁至了新的安联球场，新的球场同样是与同城对手慕尼黑1860共同使用。拜仁在2006-07赛季的表现较为飘忽，除联赛表现不佳外，杯赛上也再次输给了亚琛，菲利克斯·马加特于是在冬歇期过后不久即遭解职[31]。

希斯菲尔德于2007年1月重返球队，但拜仁在该赛季最终仅获得了第四名的成绩，十年来首次无缘欧冠比赛。而德国足协杯和联赛杯的双重失利则让球队在该赛季一无所获。

“罗贝里”时代（2007年-2019年）

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在2007-08赛季开始前，拜仁对球队的阵容进行了大刀阔斧的改造和重建。球队一共签下了8名球员并且出售、解雇或者外借了9名球员[32]。其中，最重要的引援是三位在前一年世界杯上大放異彩的球員：从佛罗伦萨引进卢卡·托尼、从云达不来梅引进米罗斯拉夫·克洛泽以及从马赛引进了弗兰克·里贝里。新的引援成功奏效，他们再次获得了2008年的双冠王，并从联赛开始起就一直占据榜首位置直至赛季结束[33]。

这一赛季结束后，为拜仁镇守多年的守门员奥利弗·卡恩正式退役，这使得俱乐部在未来几年内都缺乏一名顶级门将。希斯费尔德也宣告退役，尤尔根·克林斯曼成为他的继任者，与拜仁签订了一份为期两年的合约[34]。然而，克林斯曼甚至未能熬过首个赛季，这是源于拜仁在2008-09赛季首先迎来了一个糟糕的开局，先是在德国超级杯以1:2不敌多特蒙德，又在前6轮联赛中只胜2场，继而在德国杯八强被勒沃库森淘汰。欧洲冠军联赛中，拜仁也在总比分12:1击败了里斯本竞技并创造了欧冠淘汰赛阶段最悬殊比分记录后，被巴塞罗那以5:1淘汰出局。2009年4月27日，在拜仁主场败给沙尔克04并滑落至联赛第3后的第三天，克林斯曼被解雇，前主教练尤普·海因克斯以代理主教练的身份执教球队直到赛季结束[35]。球队最终获得了联赛第二名，顺利晋级下一赛季的欧洲冠军联赛。

拜仁在2011年11月与勒沃库森进行的一场德甲比赛

2009-10赛季，拜仁聘请了帶領阿爾克馬爾飛躍性進步的荷兰籍主帅路易斯·范加尔，而因皇馬大換血被放棄的荷兰前锋阿尔扬·罗本也加盟阵中。在接下来的十年里，罗本和里贝里共同塑造了拜仁的两翼齐飞的边路进攻风格。媒体迅速将这对组合昵称为“罗贝里（Robbery，意为抢劫）”。此外，大卫·阿拉巴及托马斯·穆勒也晋身一线队。随着穆勒的到来，范加尔甚至宣布“只要我在，穆勒将会一直上场”，这句话在此后几年里已成为一条被广泛引用的短语。在球场上，拜仁度过了自2001年以来最成功的一个赛季，确保本土双冠[36][37]。然而在2010年欧洲冠军联赛决赛中，拜仁以0:2不敌国际米兰，未能实现德国球队的首次三冠王伟业[38]。尽管在2009-10赛季取得成功，但范加尔还是于2011年4月遭到解雇，因为拜仁在下個球季德甲联赛中落后，并在欧洲冠军联赛淘汰赛首轮因客場進球劣勢而再次被國際米蘭淘汰出局。范加尔的助手安德里斯·永克尔临时接管球队直至赛季结束，并取得联赛第三。[39]

2011-12赛季，拜仁再度请回了海因克斯担任主教练。尽管俱乐部签下曼努埃尔·诺伊尔，解决了卡恩的合适替代者问题，但球队却重蹈2002年勒沃库森的“三亚王”悲剧，连续第二个赛季颗粒无收[40]。在国内，无论是联赛或杯赛均不敌多特蒙德屈居第二；而作为欧冠改制后第一支在主场参加决赛的球队，拜仁也在点球大战中败给切尔西（3:4），成就了英格兰球队在安联球场的首胜[41][42]。

2012-13赛季，拜仁先是在德国超级杯中以2:1战胜多特蒙德[43]，其后拜仁在客场以5:0战胜杜塞尔多夫后，成为了德甲历史上首支取得开赛8连胜的球队[44][45]。2013年4月6日，拜仁又在联赛还剩6轮的情况下提前夺冠，成为德甲历史上最早产生的冠军[46]。拜仁在该赛季创造了多项德甲新纪录，包括单季最高积分（91分）、单季最高分差（25分）、单季最多胜场（29场）、單季最高得失球差（+80）和单季最少失球（18球）等。2013年5月25日，拜仁在四年内第三次进入欧洲冠军联赛决赛，并在温布利球场以2:1战胜同国对手多特蒙德，第5次赢得欧洲冠军奖杯[47]。随后在6月1日举行的2012-13赛季德国杯决赛中，他们又以3:2战胜斯图加特，成为德国首支加冕三冠王的球队[48]。

前巴塞罗那主教练何塞普·瓜迪奥拉于2013-14赛季开始接掌拜仁成為主教練[49]，但他率队却在新赛季的首场正式比赛、2013年德国超级杯中以2比4不敌多特蒙德[50]。而在此前，拜仁还激活了马里奥·格策在多特蒙德的3,700万欧元最低解约条款，从而以创德国球员最高纪录的身价将其签入[51]。2013年8月30日，拜仁在布拉格伊甸竞技场通过点球大战以5比4战胜切尔西，历史上首次夺得欧洲超级杯[52]。2013年11月9日，拜仁在当季联赛第12轮主场以3比0战胜奥格斯堡后，以连续37场不败的成绩打破了由汉堡在30年前创造的连续36场联赛不败纪录[53]。2013年12月21日，拜仁在摩洛哥举办的2013年世界俱乐部杯决赛比赛中以2比0战胜拉賈卡薩布蘭卡后，实现德国球队的首次五冠王伟业[54] [55]。2014年3月25日，拜仁在柏林奥林匹克体育场以3比1战胜柏林赫塔后赢得了它们的第23个德甲锦标。此时距离赛季结束尚余7场比赛，開季27場尚未吞敗的拜仁再次打破了上赛季所创的纪录，成为德甲历史上最早产生的应届冠军[56]，然而隨後三場遭遇了一和兩敗且狂失七球的亂流，包含輸給了德甲第二的多特蒙德，使得拜仁無法打破上季的各項記錄（積分90、分差19、得失球差+71、失球23、敗場2，僅有追平29勝的紀錄）。2014年5月17日，拜仁又在2014年德国杯决赛（英语：2014 DFB-Pokal Final）中以2比0击败多特蒙德，赢得了俱乐部历史上的第十个联赛及杯赛双冠王[57]。但时任俱乐部主席乌利·赫内斯于2014年3月13日被判逃税，并处以三年半的监禁。他于翌日辞职。原副主席卡尔·霍普夫纳于5月2日当选新任主席。

在2014-15赛季开始前，拜仁签入了刚与多特蒙德合同期满的罗伯特·莱万多夫斯基，并从皇家马德里簽下老將哈维·阿隆索。但同时，拜仁也无法阻止世界杯上表現傑出的托尼·克罗斯转投皇马。隔年，俱乐部的旗帜人物巴斯蒂安·施魏因斯泰格和克劳迪奥·皮萨罗则于2015-16赛季前离开。在这两个赛季中，拜仁均能卫冕自己的联赛冠军，包括在2015-16賽季以17球打破德甲單季最低掉球記錄並同時獲得雙冠王[58]，但連三季欧冠联赛止步半决赛导致了俱乐部上下的失望，因为他们的期望是瓜迪奥拉能够带领俱乐部夺得第六座欧冠奖杯。尽管拜仁的领导层试图挽留瓜迪奥拉，但这位西班牙主帅决定不再续签他的三年合同。

随着瓜迪奥拉转而执掌英超俱乐部曼城，其原职位被意大利人卡洛·安切洛蒂取代[59]。2016-17赛季的重要转会是来自多特蒙德的马茨·胡梅尔斯。在场外，乌利·霍内斯已从狱中获释，并于2016年11月再度当选主席。安切洛蒂率领拜仁完成德甲联赛五连冠，但没有赢得杯赛或欧冠冠军：在德國杯準決賽2比3輸給了多特蒙德；而歐冠八強賽對陣皇馬時，雖在主場1比2落敗，但在客場比賽時原先佔盡優勢，卻被多次的誤判影響：首先C羅靠著一次明顯越位的進球逼入延長賽、而即將進入延長賽前，比達爾又因為從後方對阿森西奧的一次鏟球被吹判紅牌，但重播顯示實際上比達爾是先碰到球的（雖然他在鏟球完後沒有立刻收腳而絆倒了應該能重新要回球權的阿森西奧，光憑這點他也很可能會領到本場第二張黃牌）、萊萬多夫斯基有一次單刀的機會被吹判越位，但實際上馬塞洛比他還靠近皇馬球門、卡賽米羅整場多次嚴重犯規卻只有領到一張黃牌等等，幾次嚴重的誤判導致體力耗盡且少一人的拜仁在延長賽被連進三球（實際上就連延長賽的三球中也有一球是明顯越位），以3比6落敗。[60]

2017年7月，拜仁宣布将独自使用安联竞技场，因为同城俱乐部慕尼黑1860因經濟問題遭到德國足總降級至第四级联赛，將和拜仁的二隊共用較小型的綠森林體育場。在2017-18赛季开始前，拜仁进行了大规模换血，相继签入金斯利·科芒、科朗坦·托利索、塞尔吉·格纳布里和尼克拉斯·聚勒等年轻球员，并从皇家马德里借入哈梅斯·罗德里格斯。与此同时，球队队长菲利普·拉姆和哈维·阿隆索退役，其它几名球员也离开了俱乐部。赛季开局阶段在歐冠德甲兩頭成绩皆不佳且失去球員支持的氛圍下，安切洛蒂遭到解雇。在威利·萨尼奥尔短暂接过主帅一职过渡后，由功勋名帅尤普·海因克斯再度出任拜仁主帅完成赛季剩余比赛[61]。海因克斯也不負眾望完美達成了這次的救火任務，他在第7輪結束上任時拜仁還落後榜首多特蒙德5分，且主力門將諾伊爾預計會因傷錯過整個球季的情況下迅速帶領球隊進入狀況，僅用了一個月就回到榜首並一路拉開差距，最後27場比賽豪取23勝的拜仁在還剩下6輪的時候就毫無壓力的再次获得联赛冠军，該季德甲第二名的沙爾克04整季也才只拿了63分，還輸給海因克斯27場任內的70分不少。歐冠賽場上，拜仁在主場對陣直接導致安切洛蒂被開除的巴黎聖日耳曼的小組賽中完成復仇而確保了十六強席次，僅因得失分差居小組第二，並在籤運不錯的情況下連續輕鬆擊敗貝錫克塔斯和塞維利亞兩支隊伍，準決賽上遇到了海因克斯的老東家、以及前一年在滿滿爭議下擊倒拜仁的皇馬，主場先以1比2輸球，在客場因本季的主力門將烏爾賴希一次失誤送禮而錯失延長賽的機會，以3比4輸球而止步四強；而在同年的德国足协杯决赛，即海因克斯作为主教练的最后一场比赛中，他在球场上与自己的继任者相遇。最终尼科·科瓦奇率领的和睦法兰克福以3比1击败拜仁。在赛季期间，拜仁不断在公开场合敦促海因克斯续約，但这位73岁的老帅坚持将在赛季结束后退休。俱乐部开始了漫长的广泛搜索，以寻求合适的继任者，最终前拜仁球員科瓦奇被选定为候任主帅，并签署了一份为期三年的合同。[62][63]

尼科·科瓦奇在拜仁的第一个赛季进展缓慢，球队在超級盃中5比0大勝科瓦奇的老東家法蘭克福，但整个德甲赛季的前半段都落后于多特蒙德。但与上任超過一年的范加尔和安切洛蒂的类似境遇相反，俱乐部高層這次决定保护他们上任未滿一年的主教练免受批评。在冬歇期后，拜仁表現回穩迅速缩小差距，在第28輪的國家德比上5-0血洗多特蒙德後正式回歸榜首，雖然之後又因多次和局而遲遲無法拉開差距，但還是以2分的微小差距有驚無險的完成德甲的七連霸。在欧冠联赛中，球队雖然能在一個沒有其他五大聯賽球隊的小組以第一晉級，但于首轮淘汰赛便遭最終奪冠的利物浦淘汰，这是自2011年以来拜仁首次无法进入八強；而在德國足協杯，拜仁從開賽起每輪都以一球險勝，直到決賽以3-0痛擊德甲新銳球隊莱比锡红牛，完成了雙冠王，雖說整體表現不如去年，但多獲得了一項獎杯，科瓦奇算是不過不失的完成了本賽季。在赛季期间，兩大功勛名將罗本及里贝里先后宣布这将是他们在俱乐部的最后一个赛季，在最後一場德甲比賽中，兩人在安排下以替補登場接受安聯滿場主場球迷的歡呼並雙雙進球而確保了兩人合作十年來的第八個德甲冠軍，季末羅本退休、而里貝里轉投義甲。2019年1月，拜仁宣布前一年世界杯上一鳴驚人的法國後衛帕瓦爾將會由斯圖加特轉隊加入；隨後，拜仁在3月宣布他们已经从马德里竞技签下另一名來自法國的後衛卢卡斯·埃尔南德斯，并为此斥资创德甲纪录的8000万欧元转会费，兩人均會在下季開始時加入。[64][65]

弗利克时代（2019年－2021年）

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2019/20：歐冠全勝封王

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汉西·弗利克于2019年7月1日以助理教练的身份加入拜仁慕尼黑。[66]在科瓦奇治下，拜仁在2019-20赛季中的开局同样缓慢，当以1比5惨败于和睦法兰克福之后，科瓦奇与拜仁于2019年11月3日分道扬镳，弗利克获提拔为代理主教练。[67][68]在经历了一段令人满意的临时主帅生涯后，拜仁于2019年12月22日宣布弗利克将继续担任主教练直至赛季结束。[69]拜仁在球场上的表现明显好转，至2020年4月，俱乐部与弗利克达成了一份其至2023年的新固定合同。[70]在弗利克的带领下，俱乐部赢得了联赛冠军，踢出了德甲历史上最成功的下半程（16勝1和0敗，該場和局為第21輪主場迎戰萊比錫紅牛），并继续摘得德國盃冠军，从而完成了俱乐部的第13次国内双冠王。

欧冠方面，拜仁慕尼黑締造了11戰全勝封王恐怖紀錄：小組賽6戰全勝；十六強抽到切爾西，以客場3-0，主場4-1的懸殊差距雙殺；儘管因新型冠狀病毒疫情讓剩餘賽程全數變成閉門賽事與一場決勝，也擋不住拜仁慕尼黑的連勝之路，八強8-2摧毀巴塞隆納、[71]四強3-0击败里昂，决赛1-0击败巴黎圣日耳曼。前巴黎球员金斯利·科芒打进了比赛的唯一入球。[72]

拜仁慕尼黑成为第二家在两个不同的赛季中完成三冠王的欧洲俱乐部，与2014-15赛季的巴塞罗那持平。[73]

在短暂的修整之后，拜仁以历史上第二次赢得欧洲超级杯开启了新赛季。在这场势均力敌的比赛中，拜仁由哈维·马丁内斯在加时赛射入制胜一球后以2比1击败塞维利亚。[74]2021年2月，他们依靠罗伯特·莱万多夫斯基的梅开二度以2比0击败非洲冠军开罗国民、继而在决赛中凭借邦雅曼·帕瓦尔的入球而以1比0击败了墨西哥新莱昂自治大学老虎之后，赢得了2020年世界俱乐部杯（由于新冠疫情而从2020年12月推迟）。成为继2009年的巴塞罗那之后，第二支获得六冠王的球队。[75]

2020/21

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拜仁在萊萬多夫斯基因傷缺賽的情況下，於欧冠四分之一决赛中被巴黎圣日耳曼淘汰，未能完成卫冕；德國杯亦早早出局。不過，拜仁仍然輕鬆的实现了德甲九连冠。在该赛季期间，罗伯特·莱万多夫斯基以41个入球打破了盖德·穆勒保持了四十九年的德甲单季进球记录。[76]

2021年4月27日，拜仁宣布弗利克将该赛季结束后应其个人要求离开，有傳費歷克和高層之間出現不和。时任RB莱比锡主教练的尤利安·纳格尔斯曼则成为新任主教练，自7月1日起生效。[77]据多家媒体报道，拜仁向莱比锡支付了2500万欧元作为纳格尔斯曼的补偿金，创下了挖角主教练的世界纪录。[78]

纳格尔斯曼和图赫尔时代（2021年-2024年）

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2021/22

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纳格尔斯曼执教下的拜仁慕尼黑順利拿下2021-22德甲冠軍，完成德甲10連霸。

欧冠方面，拜仁慕尼黑6戰全勝豪取分組第一，16強面對薩爾斯堡紅牛儘管第一回合作客被1-1逼平仍憑藉主場7-1大勝輕騎過關，八強面對比利亚雷亚尔卻大爆冷門，以客場0-1、主場1-1（總比分1-2）遭到淘汰。

2022/23

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2022-23德甲，拜仁慕尼黑不再具备绝对的统治力，但在欧冠小组赛中进展顺利，并再一次杀入了八强。2023年3月24日，俱乐部官宣主教练纳格尔斯曼下课，由托马斯·图赫尔继任，然而陣前換帥的拜仁於4月12日的歐冠八強第一輪，客場以0比3慘敗曼城，第二輪回到主場的拜仁以1比1戰平，總比分1比4止步歐冠八強。5月27日（德甲最後一輪）拜仁客場靠著賈馬爾·穆夏拉在比賽進行到89分鐘的一記絕殺，以2比1擊敗科隆得以全取3分，加上多特蒙德主場竟大爆冷門2-2被美茵茲逼和，兩隊積分同為71分下拜仁和以淨勝球54-39力壓多特蒙德拿下德甲十一連霸。

2023/24

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2023–24德甲，拜仁慕尼黑雖補入英格蘭中鋒哈里·凱恩與南韓中後衛金玟哉，但統治力卻是更進一步地下滑。

相較於獨孤求敗的利華古遜，拜仁慕尼黑前20輪僅落後2分緊咬不放，但在第21輪天王山客場0-3慘敗之後失分不止。2024年2月21日，拜仁慕尼黑官方宣佈，將於2024年6月30日終止與杜曹的合約。最終於第29輪確定11連霸畫下句點。第34輪作客賀分咸1899以4-2慘敗，拜仁的聯賽積分72分還比上季多一分，但最後排名季軍，是自多特蒙德德甲二連霸之後最差的一季。

德國盃方面，在三十二強作客德丙球隊沙貝魯根，最終以2-1恥辱性出局。

歐冠方面，拜仁慕尼黑小組賽表現平平但還是拿下分組第一；十六強抽到拉齊奧，第一回合客場0-1落敗，但第二回合主場3-0成功翻盤；八強抽到兵工廠，第一回合在支持者不得隨隊遠征酋長球場的劣勢下戰成2-2，第二回合1-0，總比分3-2打入四强，四強強碰皇馬，第一回合主場2-2，第二回合客場更率先取得進球，但在比賽尾聲被連入2球，總比分3-4又一次被皇馬淘汰出局。因而拜仁慕尼黑這季是近12年來首次「四大皆空」。

球季結束後，主帥圖赫爾正式離任。

孔帕尼時代（2024年-）

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2024/25

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拜仁慕尼黑這個夏天的焦點無疑是新任主帥的尋覓，在經歷被多位青睞人選婉拒後，最後他們將目光轉向孔帕尼。這位曼城名宿的教練履歷並不出色，上一個工作儘管將伯恩利帶回英超，但僅僅一個賽季就又被降回英冠，因此外界對此次任命相當疑慮。

賽季揭開帷幕後，孔帕尼執教的拜仁本季表現仍有起伏，加上國際比賽日前後出現嚴重傷病潮，但整體情況比起上季有明顯的好轉，強援如奧利斯的出色表現及出現明顯大進步的烏帕美簡奴等球員，幫助拜仁在聯賽重拾穩定性與統治力。加上上季德國境內不敗的勒沃庫森失去了神奇的魔力，拜仁不僅在聯賽一直領放其他球隊，並且與藥廠上演三條戰線的全面戰爭。

德甲方面，拜仁與藥廠兩回合都是平手，最後行至第32輪，兩隊先後取得平局，拜仁提前2輪奪回德甲冠軍。

德國盃方面，兩軍16強狹路相逢，紐亞在早段領紅牌，最後藥廠以0-1險勝拜仁晉級。

歐冠方面，拜仁聯賽階段主客場表現落差巨大，主場全贏但客場只有1勝（還是打敗租借德國球場當歐冠主場的頓內次克礦工）導致他們必須打24強附加賽。24強面對蘇超賽爾提克，拜仁第一回合客場2-1，第二回合主場1-1，總比分3-2驚險過關。16強再度強碰勒沃庫森，但是這回拜仁第一回合主場3-0，第二回合客場2-0，完成總比分5-0的雙殺。八強遇上國際米蘭，拜仁第一回合主場1-2落敗，第二回合客場2-2，總比分3-4無緣自家舉行的決賽。